পেঁপেতে ভিটামিন এ, সি, ফাইবার এবং অ্যান্টিঅক্সিডেন্টের মতো প্রচুর পুষ্টিগুণ থাকলেও কিছু ক্ষেত্রে এটি মারাত্মক ক্ষতিকারক হতে পারে। বিশেষ করে গর্ভবতী মহিলাদের কাঁচা বা পাকা পেঁপে এড়িয়ে চলাই শ্রেয়, কারণ এতে থাকা ল্যাটেক্স জরায়ুর সংকোচন ঘটিয়ে অকাল প্রসব বা গর্ভপাতের ঝুঁকি বাড়াতে পারে। পুষ্টিবিদদের মতে, যাদের হজম সংক্রান্ত সমস্যা, যেমন ইরিটেবল বাওয়েল সিনড্রোম (IBS) বা ডায়রিয়া রয়েছে, পেঁপেতে থাকা উচ্চ ফাইবার তাদের গ্যাস, পেটে ব্যথা অথবা পাতলা মলের সমস্যাকে আরও বাড়িয়ে দিতে পারে।

এছাড়াও, যাদের পেঁপেতে অ্যালার্জি রয়েছে অথবা যারা রক্ত পাতলা করার বা থাইরয়েডের মতো নির্দিষ্ট ওষুধ সেবন করেন, তাদের পেঁপে খাওয়ার আগে বিশেষজ্ঞের পরামর্শ নেওয়া উচিত। কারণ, এতে উপস্থিত প্যাপেইন এনজাইম অনেকের ক্ষেত্রে অ্যালার্জির প্রতিক্রিয়া সৃষ্টি করতে পারে এবং নির্দিষ্ট ওষুধের কার্যকারিতা প্রভাবিত করতে পারে। তাই সকলের জন্য পেঁপে উপকারী হলেও, এই কয়েকটি শ্রেণির মানুষের জন্য তা সীমিত পরিমাণে বা ডাক্তারের পরামর্শ অনুযায়ী গ্রহণ করা আবশ্যক।